I. Ausgangslage

Die Klägerin ist ein Pharmaunternehmen mit Sitz in den USA. Die Beklagte ist ebenso im Pharmabereich tätig, stellt u.a. Generika her und hat ihren Sitz in Basel.

Gestützt auf das Europäischen Patent (EP) 0915894 wurde der Klägerin das ergänzende Schutzzertifikat (Zertifikat) Nr. C00915894/01 erteilt. Das Zertifikat wurde für die Wirkstoffkombination «Tenofovir-Disoproxilfumarat + Emtricitabin» erteilt. «Tenofovir-Disoproxil» und «Emtricitabin» sind Wirkstoffe; «Fumarat» ist ein Salz. In den angegriffenen Arzneimitteln der Beklagten liegen die Wirkstoffe in einer anderen Salzform («Phosphat») vor.

In Prosequierung des zu ihren Gunsten entschiedenen Massnahmeverfahrens (S2017_006) reichte die Klägerin am 4. Dezember 2017 ihre Klage ein, wonach der Beklagten unter anderem zu verbieten sei, ihre Arzneimittel (Generika) während der Schutzdauer des Zertifikats einzuführen, auszuführen, zu lagern, herzustellen, anzubieten, zu verkaufen oder auf sonstige Weise in Verkehr zu bringen. Mit Klageantwort vom 9. März 2018 beantragte die Beklagte die Abweisung der Klage. Nach weiteren Eingaben und Durchführung einer Hauptverhandlung erging...